過去の生物（古生物）の遺体や、足跡、這｛は｝い跡、巣穴などの生活のこん跡などが地層中に埋没され、後から掘り出されたものをいう。古生物の遺体や生活のこん跡から由来するものであっても、変質して形態的・構造的特徴を残していないもの（例えば石油、石炭、りん鉱など）は普通、化石から除外する。日本語の化石という用語は、通常“石に変わったもの”の意味を予想させるが、英語では fossil といい、ラテン語の fodere （掘るという意味）に由来した“掘り出されたもの”という意味で、必ずしも石化したものを意味しない。石油鉱業においては、坑井資料からも同定可能な小型有孔虫、放散虫、花粉、胞子、珪藻｛けいそう｝、ナノプランクトンなどの微化石が、地層の対比、堆積｛たいせき｝環境の判定などに広く利用されている。