財務会計（会社の会計）上支出された費用でも税務上控除が認められないものがある。これが税制上の否認費用である。
また利権協定、PS 契約、リスク契約などの開発途上国における石油探鉱・開発に関する契約において、権利付与者と権利享受者（操業者）との間での利益配分の基礎となる利益算定のためのコストに含めることが認められない費用があり、これも同じく否認費用といわれる。例えばインドネシアなどにおけるPS契約においてはサイン・ボーナスなどは否認費用と規定されている。この場合、所得税法上はコストとして認められている。